各論

第４章

保健所等の地域保健の体制

第１節

サーベイランス体制

実施割合について、40％程度を維持することを基本としつつ、感染拡大地域であって、
アルファ株の陽性割合が高い（８割程度）場合には、例外的に、40％程度の維持を必
須としない運用を可能とした 236。
また、国立感染症研究所におけるゲノム解析の体制を強化し、新たな変異株も含め
継続的な監視を行うとともに、都道府県等への技術移転を進め、都道府県等における
ゲノム解析を推進すること、ゲノム解析を全国的に（全陽性者の）５～10％程度実施
する方針を示した。
ゲノム解析の体制整備については、国立感染症研究所から民間検査機関への外部委
託を活用しつつ、都道府県等における体制整備のため、国立感染症研究所から地方衛
生研究所への機器の無償供与等による技術移転、都道府県等と大学等との連携の促進
等の取組を進めた 237。
５月 11 日、WHO がデルタ株を懸念すべき変異株（VOC）に指定したことを受け、
同月 14 日、厚生労働省は、都道府県等に対して、日本への入国後 14 日以内に新型コ
ロナウイルス感染症の陽性と診断された患者については、アルファ株のための変異株
PCR 検査に加えて、デルタ株のための変異株 PCR 検査 238等も実施するよう求めた
239
。
（HER-SYS のデータ入力の徹底の必要性）
2021 年春の感染再拡大からデルタ株のまん延による夏の感染拡大においては、自
宅療養者等への対応のほか、変異株への置き換わりが進む中、アドバイザリーボード
における分析とそれに基づく適切な対策実施のため、重症化や死亡といった転帰情報
や感染源などのデータ把握が課題となったが、データ入力に一定の事務負担のある中、
入力項目によっては保健所や医療機関の入力状況に差異がある状態が生じていた。
このため、期間中、厚生労働省は、都道府県等に対して、数度にわたって、変異株
その上で、アルファ株以外の他の変異株について変異株 PCR 検査が必要となった場合に、
40％程度の検体を早期に収集できる体制を維持することとされた。
237
2021 年５月 19 日時点で、10 都道府県（管内の市町村で実施可能な場合を含む。
）の地方衛
生研究所においてゲノム解析が可能であった。その後、都道府県数は、同年６月 11 日時点 17、
７月５日時点 20、10 月 21 日時点 25、11 月 19 日時点 44、2022 年１月 17 日時点 45、同年３月
10 日時点 46 となった。
238
L452R 変異株 PCR 検査
239
その後、2021 年５月 21 日、国立感染症研究所は、全国の地方衛生研究所に対して、L452R
変異株 PCR 検査の手法を提供し、同月 28 日、国立感染症研究所が委託した民間検査機関におい
て、L452R 変異株 PCR 検査を開始し、６月４日、厚生労働省は、都道府県等に対して、管内の
全陽性者の約 40％分の検体を目途に、L452R 変異株 PCR 検査の実施を依頼し、７月下旬から８
月上旬にかけてデルタ株への置き換わりが進んでいることを受け、同月 19 日、厚生労働省は、
都道府県等に対して、L452R 変異株 PCR の実施割合について、40％程度を維持することを基本
としつつ、感染拡大地域であって、デルタ株の陽性割合が高い（８割程度）場合には、例外的
に、40％程度の維持を必須としない運用を可能とした。
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