１ 社会保険診療等に係る消費税制度の見直し
（１）社会保険診療等に係る消費税について、診療所においては非課税のまま診療報酬上の
補てんを継続しつつ、病院においては軽減税率による課税取引に改めること
（２）上記（１）が実現するまでの間、医療機関の建物等を含む高額投資に対する特段の対応
－ 消費税 －
社会保険診療や介護保険サービス等については消費税の非課税措置が講じられているため、
医療機関の仕入れに係る消費税額（医薬品・医療材料・医療器具等の消費税額、病院用建物等
の取得や業務委託に係る消費税額など）のうち、社会保険診療報酬等に対応する部分は仕入
税額控除が適用されずに、医療機関が一旦負担し、その分は社会保険診療報酬等に反映して
回収されることとされています。
しかし、この負担分は、消費税導入時においてもその後の税率５％への引上げの際におい
ても社会保険診療報酬に十分反映されたとはいえず、当時の補てん不足は未解決のまま残さ
れています。また、このようなマクロの補てん不足とは別に、個別の医療機関の仕入構成の
違いに対応できる仕組みではないことから、とりわけ設備投資を行う医療機関に大きな消費
税負担が生じることも極めて切実な問題です。
平成 30 年 12 月 14 日に自由民主党・公明党が公表した平成 31 年度税制改正大綱に、
「
（前
略）今般の消費税率 10％への引上げに際しては、診療報酬の配点を精緻化することにより、
医療機関種別の補てんのばらつきが是正されることとなる。今後、所管省庁を中心に、実際
の補てん状況を継続的に調査するとともに、その結果を踏まえて、必要に応じて、診療報酬
の配点方法の見直しなどを対応していくことが望まれる。
」と記載されました。
しかしながら、個々の医療機関の消費税負担解消は課題として残されています。個々の医
療機関の消費税負担解消のためには課税取引への転換が有力な選択肢として考えられる一方
で、小規模医療機関等への影響も配慮して慎重に検討する必要があります。そこで、診療所
においては非課税のまま診療報酬上の補てんを継続しつつ、病院においては軽減税率による
課税取引に改めることを要望します。
なお、将来に向けては様々な税率による課税化についての検討も必要と考えられます。
併せて、高額な投資の際のキャッシュフローの悪化は喫緊の課題であり、上記の税制措置
を講じるまでの間、建物等を含む高額な投資に対する特段の対応が別途必要です。
（消費税法第 4 条、第 6 条、第 30 条、別表第二第六号、第七号イ、第八号）
（参 考）「診療所」、
「病院」は医療法第 1 条の五において規定されている。

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