（別添）
病床確保補助金に係る消費税の取扱いについて

国・地方公共団体の特別会計及び公共・公益法人等は、消費税に係る申告において、
通常の方法により計算される仕入控除税額について調整を行い、補助金等の対価性のな
い収入（特定収入）により賄われる課税仕入れ等の税額について、仕入税額控除の対象
から除外することとされています（消費税法第 60 条第４項）。
この点、新型コロナウイルス感染症患者のための病床確保事業を行う医療機関が収受
する補助金（以下「病床確保補助金」といいます。）については、以下の取扱いに基づ
き、消費税の申告を行う必要があります。
なお、特定収入割合が５％以下である課税期間については、当該調整計算を行う必要
はありません。詳しい計算方法等につきましては、参考資料（国、地方公共団体や公共・
公益法人等と消費税）をご参照ください。
【病床確保補助金に係る消費税の取扱い】
病床確保補助金は、対価性のない収入であるところ、一般的には、法令又は交付要綱
等において使途が特定されるものではない※と考えられ、消費税法上の特定収入に該当
します。
※ 病床確保補助金は、一般的には、病床数に基づき交付されるものであり、具体的な
使途が法令又は交付要綱等において定められているものではないため、消費税法上使
途が特定されているものとはなりません。
（注） 国・地方公共団体が合理的な方法により補助金等の使途を明らかにした文書（使
途特定文書）において、課税仕入れ以外の支出に使途が特定されている場合には、
特定収入に該当しない場合もあります。
参考事項
消費税の納付税額の計算
消費税の納付税額は、その課税期間の課税標準額に対する消費税額からその課税期間
中の課税仕入れ等に係る税額を控除（消費税法第 30 条）して算出します。
消費税の納付税額 ＝ 売上税額 － 仕入税額

（特定収入がある場合の納付税額の計算）
消費税の納付税額 ＝ 売上税額 － （ 仕入税額 － 調整税額 ）
特定収入
租税、補助金、会費、寄附金等の対価性のない収入が特定収入となりますが、給与な
ど課税仕入れに該当しない一定の支出（特定支出）にのみ使用することが法令、交付要
綱等又は使途特定文書（国、地方公共団体が合理的な方法により補助金等の使途を明ら
かにした文書）において明らかな場合には、その対価性のない収入は特定収入とはなり
ません。
特定収入割合
特定収入割合とは、その課税期間において、次の算式により計算した割合をいいます。

参考資料
国、地方公共団体や公共・公益法人等と消費税（令和７年６月）
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/shohi/shohizei.htm