会計検査院・国税庁の指摘に対する対応について
（病床確保料に係る消費税）

厚生労働省作成資料

【会計検査院による検査報告】
○

消費税納税者は課税売上に係る消費税額から課税仕入に係る消費税額（仕入控除税額）を控除

○

補助金等の収入が全収入の５％以上を超える国・地方公共団体や公共・公益法人等（日赤、済生会、社会医療法人等）は仕入
控除税額の調整計算を行う必要があるが、検査対象とした公立病院等221事業者及び公共・公益法人等198事業者のうち、半数以
上が病床確保料に係る調整計算を誤っていたほか、うち38事業者は調整計算自体を行っていなかった。

○

ある社会医療法人では令和２～３年度において多額の病床確保料が交付されたことにより、補助金等の収入が全収入の５％以
上を超えることとなったが、調整計算の必要性を認識していなかったため、再計算した場合は令和２年度が約109万円、令和３年
度が約201万円の仕入控除税額の減少が見込まれている。

○

これは、国税庁において、病床確保料に係る調整計算の取扱いについて十分に周知されているか検討されていなかったことや
税務署における申告審理体制が十分ではなかったことによるもの。

【当面の対応】
○

今後、病床確保料のように使途が特定できない補助金を創設する際は、事前に交付要綱等を国税庁に協議の上、調整計算の取
扱いについて十分に周知できているか確認することとした。

○

その上で、調整計算が誤っている公立病院等や公共・公益法人等に対しては正しく計算し直してもらうよう促していく予定。

【今後のスケジュール及び対応】
①

厚生労働省から都道府県に対し、公立病院等や公共・公益法人等に対して正しい計算方法等を周知し、再計算を依頼。

②

国税庁が全国の税務署に対して情報提供（予定）。
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