事
務
連
絡
令和７年７月 29 日
各都道府県主管衛生部（局） 御中
厚 生 労 働 省 医 政 局 医 療 経 理 室
健康・生活衛生局感染症対策部感染症対策課

新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金（医療分）の
病床確保料に係る消費税の取扱いについて
平素より、厚生労働行政の推進につきまして、ご協力を賜り、厚く御礼申し上
げます。
新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金（医療分）の病床確保料に係る
消費税の取扱いについては、会計検査院による令和５年度決算検査報告（令和６
年 11 月６日）において、
「病床確保補助金は、対象経費である病床確保料の使途や範囲が交付要綱等に
おいて明らかでなく、病床確保補助金の交付を受けた調整対象事業者において、
適切に使途が特定されていない蓋然性が高いのに、厚生労働省等と連携を図る
などして調整対象事業者に対して課税上の取扱いが十分に周知されていなかっ
た事態、また、税務署等において、使途特定文書等の提出を求めていないなど、
調整計算に関する申告審理が十分に行われていなかった事態は適切ではなく、
改善の必要があると認められた。」との指摘を受けています。
今般、別添のとおり国税庁から国・地方公共団体の特別会計及び公共・公益法
人等（※）が病床確保料を受領した場合における消費税の取扱いが示されました
ので、貴管下の医療機関に周知いただくようお願いいたします。
国・地方公共団体の特別会計及び公共・公益法人等は、当該取扱いを踏まえつ
つ、病床確保料に係る消費税の納付税額の計算を行うこととなりますので改め
て確認を行っていただくとともに、必要に応じて所轄税務署にお問い合わせい
ただくようお願いいたします。
（※）消費税法（昭和 63 年法律第 108 号）別表第三に掲げる法人
（例：社会医療法人、学校法人、公益社団法人、地方独立行政法人等）
（照会先）
・新型コロナ緊急包括支援交付金担当
メールアドレス：ncov-koufukin@mhlw.go.jp