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補助金等に係る課税の適正化および繰延措置の創設

医療機関に交付される補助金・交付金等については、その制度趣旨に鑑み、
課税の繰延措置等の適用を可能とするなど、複数年度にわたる柔軟な課税上
の取扱いを認められたい。
[理

由]
1）近年、物価高騰や賃金上昇への対応として、医療機関に対する各種補助

金が補正予算等により措置されている。このうち賃金上昇分に係る補助につ
いては、医療機関において速やかに人件費として支出されるため、課税上の問
題は比較的生じにくい。

2）一方で、物価高騰分に係る補助金については、支給時期および課税の取
扱いに課題がある。例えば、令和 7 年度補正予算に基づく補助金については、
申請期限が 3 月上旬とされ、多くの医療機関がこれに対応して申請を行い、3
月下旬までに資金が交付された。しかしながら、多くの医療法人の決算期は 3
月末であることから、当該補助金は当該年度の収益として計上され、黒字法人
においては法人税の課税対象となる。

3）病床規模の大きい医療機関においては数千万円規模の補助金が計上され、
その結果として多額の法人税負担が発生する。これに対し、申請時期が翌年度
にずれ込んだ医療機関については、翌期において当該資金を活用することが
可能であり、結果として課税上の取扱いに差異が生じている。このような状況
は、同一制度の下における公平性の観点から問題がある。

4）補助金等は、本来、医療機関の経営安定化や機能転換等の支援を目的と
するものであり、必ずしも単年度で消費されることを前提としたものではな
い。特に、病床削減後の施設改修や機能転換に係る投資は、翌年度以降に発生
することが一般的であるにもかかわらず、現行制度ではこれらの支出に対応
するための資金を繰り延べて活用することが困難となっている。

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