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資料２ 全ゲノム解析等に係る事業実施準備室の検討状況について (15 ページ)
出典
| 公開元URL | https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_33324.html |
| 出典情報 | 厚生科学審議会 科学技術部会全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会（第15回 5／25）《厚生労働省》 |
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必要な検証事項やプロジェクト構成
案（①ｰ④）
① 臨床API開発
本人同定方法の定義とインターフェース整備もしくは、同定システムの開発
FHIR-QuestionnaireResponseによるデータ収集ー
・動的テンプレート、項目レイアウト情報の定義方法と運用実現性の確認
・電子カルテ毎のローカルコードマッピング
②EDC構築
FHIRリポジトリの方式に関するPoC
以下の比較検証PoC
・IRISによるパッケージベースのクラウドリフト
・RedcapによるEULAによるPHPベースのクラウドリフト
・AWS RDS＋FHIR-WORKSによるクラウドシフト
・GCP Big Query＋FHIR-APIによるクラウドシフト
・現行EDCデータの移行検証※
③検体管理システム開発
・現行方式の機能追加ー発番管理、現行EDCとの連携、医療機関での進捗データ登録
・クラウドへの方式変更検討
現在の検体管理システムのクラウドシフト検討
新EDCとの連携
進捗データの新データ利用管理システムへの移行
④解析パイプライン構築
１症例のクラウドでのパイプライン検証PoC
・１症例コンテナを利用した方式の速度比較
・１症例GCP-Bachの速度検証
・１症例SV～アノテーションのクラウド利用速度検証
標準方式の策定と４０症例でのスケーラビリティ検証
他システム連携インターフェースの構築
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案（①ｰ④）
① 臨床API開発
本人同定方法の定義とインターフェース整備もしくは、同定システムの開発
FHIR-QuestionnaireResponseによるデータ収集ー
・動的テンプレート、項目レイアウト情報の定義方法と運用実現性の確認
・電子カルテ毎のローカルコードマッピング
②EDC構築
FHIRリポジトリの方式に関するPoC
以下の比較検証PoC
・IRISによるパッケージベースのクラウドリフト
・RedcapによるEULAによるPHPベースのクラウドリフト
・AWS RDS＋FHIR-WORKSによるクラウドシフト
・GCP Big Query＋FHIR-APIによるクラウドシフト
・現行EDCデータの移行検証※
③検体管理システム開発
・現行方式の機能追加ー発番管理、現行EDCとの連携、医療機関での進捗データ登録
・クラウドへの方式変更検討
現在の検体管理システムのクラウドシフト検討
新EDCとの連携
進捗データの新データ利用管理システムへの移行
④解析パイプライン構築
１症例のクラウドでのパイプライン検証PoC
・１症例コンテナを利用した方式の速度比較
・１症例GCP-Bachの速度検証
・１症例SV～アノテーションのクラウド利用速度検証
標準方式の策定と４０症例でのスケーラビリティ検証
他システム連携インターフェースの構築
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